Od powstawania Instytutu Kaszubskiego myślano o powołaniu własnego pisma naukowego, które stanie się miejscem prezentowania wyników badań dotyczących kwestii kaszubskich i pomorskich. Dyskusja nad planowanym czasopismem naukowym, jego profilem oraz tytułem, odbyła się już podczas pierwszego zebrania Zarządu, czyli 3 marca 1997 r. Podczas spotkania - 14 kwietnia - przesądzono, że będzie ono nosiło tytuł Acta Cassubiana - rocznik o szerokim, interdyscyplinarnym charakterze, prezentujący artykuły autorów z różnych dyscyplin i ośrodków naukowych, także spoza Polski. Pierwszy tom Acta Cassubiana ukazał się w 1999 r. W każdym numerze znajdują się następujące działy: Studia i materiały, Refleksje i syntezy uczonych, Materiały źródłowe, Recenzje i omówienia, Kronika naukowa oraz Pro memoria.